Lunux php Exception: Zend Extension ./filename.php does not exist....

По всей видимости вы запускаете php скрипт в консоли Linux, при этом сам файл был создан в редакторах под Windows.
Решение утилита dos2unix filename.php или преобразовывать символ конца строки в Unix формат в своем любимом редакторе или IDE.