Наиболее употребительные команды Debian pakagemanager&updatemanager

APT
apt-get update выполнять всегда после добавление нового зеркала.
apt-get upgrade обновить пакеты установленные в системе. Обновляет бинарные пакеты и исходники если они были взяты с репозитариев Debian и распакованы в систему с помощью pakagemanagera или updatemanager(требуется повторная сборка). Если в системе установлены утилиты или программы с "оригинальных" исходников, то перед обновлением следует проверить из на совместимость с вашими программами.
apt-get remove pakage_name удаление пакета с сохранением конфигурационных файлов.
apt-get purge package_name удаление пакета с удалением конфигурационных файлов.
apt-get clean удалить загруженные файлы пакетов.
Далее dpkg и aptitude


DPKG
dpkg -l - список всех установленных пакетов.
dpkg -s pakage_name - статус и информация о конкретном пакете.
dpkg -L package_name - список файлов входящих в установленный пакет.
dpkg -S path_to_file или filename - в первом случае ищет пакет к которому принадлежит указанный файл. Во втором случае ищет пакеты в которых имеются совпадения с указанным filename.
APTITUDE
aptitude search GLOB поиск пакетов в репозитариях и в системе. В выводе команд первый столбец обозначает статус пакета:
p - пакет не установлен.
c - пакет удален но конфигурационные файлы не были удаленны.
i - пакет установлен
v - означает что пакет виртуальный
Если присутствует вторая буква означает что будет сделано с данным пакетом:
i - пакет будет установлен
d - пакет будет удален, конфигурационные файлы останутся в системе.
p - пакет и конфигурационные файлы будут удаленны.
Третья буква может быть A означает что пакет был установлен автоматически.

Есть и другие способы решения задач по управлению пакетами. Смотреть man apt-get, man dpkg, man aptitude.